交通运输局内设办公室、公路技术室、财务室、交战办、安运办等5个内设股室,下设巴里坤县农村公路养护中心、综合行政执法大队及所属二级事业单位农村公路养护中心。

一、办公室：负责统筹党建和行政事务。包括党建、党支部工作、党风廉政建设，行政会议的组织安排、起草有关文件、公文处理、干部学习、考勤管理、请销假管理、物品采购、公务接待、车辆及办公设备维修保养、油料供应、效能建设、绩效考核、宣传报道等工作。

负责人：刘平林  联系电话：0902-6822343

二、公路技术室：负责公路建设工作，包括固定资产投资、公路工程建设项目、交通规划和项目建设实施、项目立项、项目招投标、项目档案整理、项目资料审计报备、扶贫建设项目（乡村振兴战略）、农村公路小修养护、道路工程质量和安全监督、项目公开、项目审计、统计等工作；负责扶贫项目（乡村振兴战略）的组织实施、经济目标考核、环境保护治理等工作。负责人：卡德尔·阿不来提

三、财务室：负责财务管理、经费预算、项目决算、审计、财务公开、人事档案、工资福利、车辆档案、保险、固定资产管理、工会、妇联、老干部及计划生育工作。负责人：周雪梅

四、交通战备办公室：统筹推进交通战备各项工作，负责应急体制建设工作，包括抗雪保交通、防汛保交通、地震应急、防灾减灾、突发事件应急、慢病防治应急等工作。

五、交通运输综合行政执法大队：负责交通运输综合行政执法工作，包括客货运输、危货运输、客运稽察、出租车管理以及路政巡查、超限超载治理、交通领域专项整治、行政案件查办以及客运站、邮政快递物流、客货运输企业、地方海事、车辆维修企业、驾驶员培训学习的执法监管等工作。

1、安运办：负责交通运输安全生产工作，包括安全生产三年行动、客货运输、危化运输、客运稽察、出租车管理以及超限超载治理、交通领域专项整治、客货运输、危化运输、邮政快递物等工作。

2、法制办：平安建设、法治政府建设、市域现代化治理、普法工作、依法行政、法治及法制宣传、执法人员培训、执法公开等工作。

3、业务服务大厅：负责行政许可、审验、换证、行政强制、行政处罚、案件法制审查、客货运量统计、节能减排、燃油补贴审核发放、县域内车辆包车办理等工作。