1950年，巴里坤县政府组建县水利委员会，负责管理和兴修水利。1959年11月，县政府设水利科。1973年，水利科改称水电局。1984年11月，成立巴里坤哈萨克自治县水利水电局，负责管理全县水利电力工作。1998年1月，更名为巴里坤哈萨克自治县水利局（简称水利局），是全县水利行政主管部门。下辖巴里坤哈萨克自治县水利水电工程工作站、巴里坤哈萨克自治县水利水电工程勘测设计队、巴里坤哈萨克自治县水政水资源管理办公室、巴里坤哈萨克自治县防汛抗旱保障服务中心、巴里坤哈萨克自治县水利水电工程质量工作站、巴里坤哈萨克自治县移民服务中心6个归口管理事业单位和9个乡（镇）水管站。
单位地址：巴里坤县城镇团结南路3号
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负责人：刘亚欣
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