巴里坤县医疗保障局内设办公室、财务科、基金监督科，所属事业单位有医疗保障服务中心。

1.办公室负责局机关文秘、档案、政务信息、宣传报道、会务承办；协调各科室开展工作，负责机关内部规章制度建设；后勤行政管理和综治等工作。

2.财务科负责局机关和医疗保障服务中心财务工作，积极做好基金预决算草案；上报各类财务、统计报表。

3.基金监督科负责组织实施医疗保障基金监督管理，建立健全医疗保障基金安全防控机制；加强对医药机构使用医保基金的监督检查。

 医疗保障服务中心主要职责：

1.贯彻落实医疗保险、生育保险、医疗救助等医疗保障制度，实施城镇职工基本医疗保险、城乡居民基本医疗保险、生育保险、公务员补充医疗、大额医疗补助、大病医疗保险和医疗救助等政策；

2.管理医疗保障基金，监管定点医药机构；

3.落实基本医疗保险参保、政策宣传工作；

4.落实基本医疗、大病保险、医疗救助医疗待遇支付工作；

5.监督药品、医用耗材价格和医疗服务项目、医疗服务设施收费等相关政策的落实。